TÜ HIV rühm
Projektid
Käimasolevad projektid:
Infektsioonid langenud immuunsusega isikutel – eksperimendist kliinilisse praktikasse (2015-2020)
Lõppenud projektid:
Siirdeuuringud neuroimmunoloogiliste haiguste paremaks diagnostikaks ja raviks (2008 – 2015)
Läkaköha epidemioloogia ja molekulaargeneetika (2012-2015)
HIV-BRIDGE (2011-2015) Bridging the gap in knowledge and practice of prevention and care for HIV in Estonia (2011 – 2015)
The overarching purpose of the proposed project is to foster research, utilizing a complex systems approach ─ to interrogate and integrate multiple sources in order to discover new and unanticipated paradigms at the interface of HIV/AIDS prevention and care. The formed (for the project) inter-disciplinary collaboration promotes expertise sharing across different spheres of HIV/AIDS ─ integrating systems biology studies with genetic and clinical studies (i.e. collecting new data and utilizing existing structural, social, behavioural, clinical, gene variant, epigenomic, and gene expression data). The set aim will be accomplished by collaboration of the clinical epidemiology and basic research teams to facilitate application of basic scientific discoveries in clinical and community settings (research translation). Work-package (WP) 1: Clinical epidemiology Work-package (WP) 2: Molecular epidemiology Work-package (WP) 3: Knowledge Translation and Dissemination
Eesti HIV-positiivsete patsientide andmekogu infotehnoloogiline arendamine, HIV-positiivsete patsientide andmete ja biomaterjali kogumine
Antud uuringu eesmärgiks on hinnata kas ja kuidas viiruse genotüübist sõltub HIV infektsiooni levik, tema vastavus antiretroviiruslikule ravile ning haiguse kulg. Samuti uuritakse missugust osa etendavad haiguse levikuteed ning peremeesorganismi immuunmehhanismid (kemokiinretseptorite ja HLA süsteem) HIV infektsiooni progresserumisel asümptomaatilisest viiruse kandlusest HIV tõveks. Viiruse divergentsi osatähtsust jälgitakse ema-lapse infektsiooni mudelil. Taotletava uuringu käigus moodustatakse Eesti HIV positiivsete isikute teaduslik kohort, kuhu prospektiivselt ja longitudinaalselt kogutakse andmeid demograafiliste, kliiniliste ja laboratoorsete näitajate kohta. Samuti kogutakse regulaarselt koepanka vereseerum ning perifeerse vere monotsüüdid. Kasutades molekulaarseid meetodeid hinnatakse viiruse geneetilist struktuuri ja selle divergentsi. Samaaegselt määratakse peremeesorganismipoolseid markereid nagu kemokiinretseptorite ja HLA süsteemi kodeerivate geenide polümorfismi ning nende retseptorite ekspressiooni. Hindamaks molekulaarsete markerite mõju viiruse ülekandele ning haiguse kulule võrreldakse neid erinevatel haigete gruppidel. Antud uuringud tulemused lisavad olulisi teadmisi rekombinantsete viiruste genotüübi muutlikkuse kohta ning selle osast HIV infektsiooni levikule ja haiguse kulule. See aga võimaldab tulevikus leida uusi meetodeid viiruse leviku pidurdamiseks ning HIV-infektsiooni raviks mitte ainult Eestis vaid kogu maailmas.
Meie multidistsiplinaarse meeskonna eesmärgiks on uurida mõnede infektsioonhaiguste patogeneesi omandatud immuunpuudulikkusega isikutel (HIV ja HIC infektsioon, kriitilises seisundis ja intensiivravi vajavad täiskasvanud ja vastsündinud) ja leida optimaalsemaid ravivõimalusi. Taotlus jaguneb kolmeks tööpaketiks. Esimeses hindame enamkasutatavate antibiootikumide farmakokineetikat- ja dünaamikat leidmaks sobivamat ravimite manustamise režiimi. Teises tööpaketis otsime polümorfisme HIV ja HCV infektsiooniga seotud geenides ning kasutades süsteemi bioloogia lähenemist kirjeldame nende geenidega seotud haiguse patogeneesi. Lõppeesmärgiks on leida märklaudu uute ravimite ja vaktsiinide loomiseks. Kolmandas tööpaketis uurime kuidas seedetrakti puudulikkus mõjutab kriitiliste haigusseisundite kulgu ning püüame leida ravimeetodeid selle mõjutamiseks. Taotluse lõpptulemuseks on pre- ja varastes kliinilistes uuringutes kogutud teadmiste siirdamine kliinilisse praktikasse.
Konserveerunud järjestuselementide detekteerimine eukarüootsetes genoomides võrdleva genoomika abil
